За время своего существования Фонд ФЛИ профинансировал издание 15 научных монографий, посвящённых различным аспектам языкознания. Издательская программа Фонда осуществляется в партнёрстве с одним из лидеров рынка научной литературы России - Издательским домом "ЯСК".

​

Помимо этого, Фонд финансировал выпуск международного научного журнала "Вопросы языкового родства / Journal of Language Relationship", основного периодического издания Российской школы компаративистики.